La segunda temporada de Shakugan no Shana, también compuesta por 24 episodios, profundiza más en el misterio del Reiji Maigo. El Reiji Maigo, es el tesoro que contiene Yuuji dentro de si, y que le da el don de la inmortalidad. Durante esta temporada, descubriremos que dentro de Yuuji conviven dos entidades poderosas: Johan y "el Plateado".
Todos los personajes principales sufren grandes transformaciones, y aparecen personajes nuevos. Vamos a tratar de hilar fino y hacer un post que sea entendible ...
Pheles. Es un "Lord" del Reino Carmesí. Creadora del Reiji Maigo, el cual serviría para dar la inmortalidad a Johan, un humano del que esta enamorada. Viaja a la tierra al enterarse que ha aparecido el Reiji Maigo, porque su amado Johan descansa en su interior. Para recuperar a Johan tiene que eliminar a Yuuji, que como recordaremos es el contenedor actual del Reiji Maigo.
Johan. Humano. Esta enamorado de Pheles. Es el primer portador del Reiji Maigo. Seriamente herido por Sabrac, Pheles le salva la vida en el último momento sellando a Johan dentro del Reiji Maigo. Su intervención directa salva a Yuuji de ser asesinado por Pheles.
Sabrac. Es un Tomogara, miembro de Bal Masque y un Lord del Reino Carmesí. En la lucha con Johan y Pheles, que termina con Johan dentro del Reiji Maigo, Sabrac introduce también a "el Plateado" dentro.
Resumiendo. En una lucha pasada con Sabrac, Pheles sella a Johan dentro del Reiji Maigo, al mismo tiempo que Sabrac introduce dentro a "el Plateado". En la actualidad, Pheles aparece dispuesta a matar a Yuuji para poder recuperar a Johan.
Si leisteis las entradas anteriores, hablábamos de la "Flame Haze" Margery Daw. Cuando Margery Daw descubre de la existencia de "el Plateado" en el interior de Yuuji, también es poseída por el deseo irrefrenable de venganza, e intenta asesinar a Yuuji. Yuuji finalmente se salva de la garras tanto de Pheles como de Margery Daw gracias a la intervención de Shana, Willhelmina y Johan.
Por otro lado, Kazumi cada vez se ve mas atrapada dentro del mundo de los "Flame Haze" y los Tomogara. Gracias a su alianza con Khamsin Nbh'w, y la lente que este le proporciona, descubre finalmente que Yuuji es una antorcha. También gracias a una reliquia que Khamsin le regala puede moverse dentro de los espacios de tiempo cero (Fuzetsu) que generan tanto las "Flame Haze" como los Tomogaras. Pheles a su vez le proporciona un pequeño crucifijo que tiene el poder de invocarla, pero a cambio consumiría completamente la esencia vital de Kazumi.
Mientras la relación de Shana y Yuuji se va estrechando cada vez mas. Yuuji decide que tiene que aprender a usar el poder de existencia del Reiji Maigo, y Shana se ofrece a entrenarle. Dedican varias horas al día a entrenar, y así poco a poco, Yuuji va ganando protagonismo en las batallas.
Al realizar su primer Fuzetsu, se descubre que el color de las llamas de Yuuji es plateado. Esto levantara la curiosidad de Margery Daw sobre que/quien se halla en el interior de Yuuji.
Una batalla feroz por el Reiji Maigo, entre Bal Masque y Yuuji y Shana, con la victoria de la pareja. Otra batalla épica entre Willhelmina y Sabrac, que termina con la derrota de este último.
Todo parece que va a terminar con un final feliz. Shana y Kazumi deciden que van a declara su amor a Yuuji, y las dos quedan con el al mismo tiempo pero en distintos sitios de la ciudad, por lo que Yuuji se vera forzado a elegir a una de las dos. Pero Yuuji no aparece, en una imagen se ven sus pisadas desaparecer en la nieve.
Yuuji desaparece ....
¿Por que?. Eso no lo explican en el anime. Deberán explicarlo al principio de la tercera temporada. Aún así dan mas pistas en el último capitulo de Shakugan no Shana S.